En association avec les écoles vétérinaires, mais également avec l'Institut d'Etudes Politiques de Lyon (Sciences-Po Lyon) l'ENSV propose des formations de spécialisation aux étudiants qui souhaitent approfondir les questions relatives à la maîtrise des risques sanitaires dans les interactions entre l’homme, l’animal et l’environnement :
- Année d’approfondissement en santé publique vétérinaire, cinquième année du cursus en école vétérinaire française conduisant à la préparation de la thèse de doctorat vétérinaire.
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- Certificat d’études approfondies vétérinaires en santé publique vétérinaire (CEAV), formation diplômante de spécialité de troisième cycle ouverte aux candidats titulaires d'un diplôme de vétérinaire, français et étrangers.
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- Certificat d’études approfondies en science politique "analyse des politiques publiques de l'alimentation et gestion des risques sanitaires" (CEA-PAGERS), formation ouverte aux candidats titulaires d'un diplôme de master ou d'un diplôme reconnu équivalent, français et étrangers.
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L’ENSV entretient également des relations privilégiées avec l’unité enseignement et formation en élevage du CIRAD qui organise des formations dans le domaine de la santé animale et de la production animale en région chaude.
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